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Biodiversité en France : un déclin confirmé par le nouveau rapport européen

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Un nouveau rapport officiel vient rappeler l’ampleur du recul de la nature en France. Publié début septembre 2026 par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) en partenariat avec l’Office français de la biodiversité (OFB), ce 4ᵉ rapportage européen de la directive Habitats-Faune-Flore dresse un état des lieux sur la période 2019-2024, et le constat est sans appel : la biodiversité française continue de se dégrader.

Un constat chiffré, sur plus de 1 000 évaluations

Tous les six ans, la France doit rendre des comptes à l’Union européenne sur l’état de sa nature, conformément à la directive européenne « Habitats, Faune, Flore ». Cette fois, l’exercice a porté sur 129 habitats naturels et 307 espèces animales et végétales suivis sur l’ensemble du territoire, soit plus de 1 000 évaluations scientifiques réalisées — un volume inédit à l’échelle européenne.

Résultat : 67 % des évaluations sont jugées défavorables, et 39 % affichent même une tendance claire au déclin. La part des milieux considérés en bon état recule, passant de 26 % sur la période 2013-2018 à seulement 22 % sur 2019-2024. Un repli qui confirme une tendance de fond plutôt qu’un accident statistique ponctuel.

Littoral et zones humides en première ligne

Le rapport ne dresse pas un tableau uniforme : certains milieux résistent mieux que d’autres. Les forêts et les milieux rocheux, qui bénéficient d’une gestion relativement stable dans le temps, s’en sortent mieux. À l’inverse, le littoral, les zones humides et les milieux aquatiques concentrent les situations les plus préoccupantes, sous l’effet cumulé de l’urbanisation, des pollutions, des sécheresses à répétition et d’une fréquentation touristique croissante.

Cette fragilité des écosystèmes aquatiques et côtiers fait écho à d’autres alertes récentes, notamment sur les dispositifs de protection forte de la nature, où la métropole affiche un retard net par rapport aux outre-mer.

Pourquoi ce rapport compte, au-delà des chiffres

Ce rapportage n’est pas un simple exercice statistique : il conditionne les politiques de protection des espaces naturels menées en France, des zones Natura 2000 aux plans régionaux de restauration des écosystèmes. Il sert aussi de base de comparaison à l’échelle européenne, à un moment où plusieurs pays voisins publient des données similaires.

Le contexte budgétaire n’aide pas : les crédits alloués à la biodiversité pour 2026 affichent un recul par rapport aux montants qu’un rapport conjoint jugeait pourtant nécessaires pour enrayer la tendance. Un paradoxe souligné par plusieurs associations naturalistes, alors même que la France s’apprête à discuter, lors de la 81ᵉ session de l’Assemblée générale de l’ONU, de ses engagements climatiques et environnementaux.

Cette trajectoire française n’est pas isolée : elle rappelle d’autres reculs observés à l’échelle mondiale, comme celui, plus spectaculaire encore, de la déforestation en Amazonie brésilienne, où les tendances récentes restent scrutées de près par les scientifiques.

Ce qu’il faut retenir

  • Un rapportage obligatoire tous les six ans, mené par le MNHN avec l’OFB, l’ONF et les conservatoires botaniques
  • 129 habitats et 307 espèces suivis, plus de 1 000 évaluations sur 2019-2024
  • 67 % des évaluations défavorables, 39 % en déclin marqué
  • Forêts et milieux rocheux relativement épargnés, littoral et zones humides les plus fragilisés
  • Des moyens budgétaires jugés insuffisants par plusieurs associations

Questions fréquentes

Qui a réalisé ce rapport sur la biodiversité française ?

Le Muséum national d’Histoire naturelle a assuré la coordination scientifique, en partenariat avec l’Office français de la biodiversité, l’Office national des forêts, les conservatoires botaniques nationaux et de nombreuses associations naturalistes.

Pourquoi ce rapportage est-il publié tous les six ans ?

Il découle d’une obligation de la directive européenne « Habitats, Faune, Flore », qui impose à chaque État membre de rendre compte périodiquement de l’état de conservation de ses habitats et espèces protégés.

Quels milieux naturels sont les plus menacés en France ?

Le littoral, les zones humides et les milieux aquatiques arrivent en tête des milieux les plus dégradés, sous l’effet de l’urbanisation, des pollutions et des sécheresses répétées, alors que les forêts et milieux rocheux se maintiennent mieux.

Sources

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